O Άγ. Νικόλαος βρίσκεται ΝΔ της Πύλης σε θέση όπου εικάζεται ότι βρισκόταν οικισμός ρωμαϊκών και βυζαντινών χρόνων. Ο ναός, ερείπιο σήμερα, ανάγεται στα τέλη του 13ου αι. Αποτελεί σπάνιο δείγμα τρίκογχου ναού με τρούλο, του οποίου η βόρεια και η νότια κόγχη δεν προεξέχουν στις αντίστοιχες όψεις του. Ιδιομορφίες παρουσιάζει και ως προς το περίγραμμα της κάτοψης και γενικότερα σε όλες τις χαράξεις του, οι οποίες, ενώ σε πρώτη ματιά δίνουν την αίσθηση της συμμετρίας, είναι όλες ασύμμετρες. Η κατασκευή, η οποία εντυπωσιάζει και σήμερα τον επισκέπτη, ήταν ιδιαίτερα ενδιαφέρουσα με πλούσιο κεραμοπλαστικό διάκοσμο στις όψεις και στον τρούλο. Στις τοιχοποιίες εφαρμόζεται σύστημα δόμησης που πλησιάζει το πλινθοπερίκλειστο. Τα τόξα και οι θόλοι είναι κατασκευασμένοι κατά κύριο λόγο από πλίνθους. Εξαιρετικής ποιότητας ασβεστοκονίαμα συνέδεε λίθους και πλίνθους. Εσωτερικά ήταν κατάγραφος με τοιχογραφίες, από τις οποίες ελάχιστα λείψανα σώζονται σήμερα.
Σε φωτογραφία του 1899 ο ναός ήταν ερειπωμένος, διατηρούσε όμως τον τρούλο του, ο οποίος, σύμφωνα με προφορικές μαρτυρίες, καταστράφηκε στο Β΄ παγκόσμιο πόλεμο. Εκτός από τα προβλήματα του μνημείου σήμερα που απορρέουν από τη χρόνια έκθεσή του στις καιρικές συνθήκες, η θεμελίωση και τα χαμηλά τμήματα της ανωδομής επηρεάζονται από την αυξομείωση της στάθμης των υδάτων της Μικρής Πρέσπας. Χαρακτηριστική είναι η έντονη παρουσία αλάτων.
Η συστηματική καταγραφή στοιχείων που δίνουν πληροφορίες για την προγενέστερη ολοκληρωμένη μορφή του μνημείου και η έρευνα αρχείου έδωσαν τη δυνατότητα για την ασφαλή αναπαράσταση και μερική ανακατασκευή τμημάτων της ανωδομής και του κεραμοπλαστικού διακόσμου.
Τμήμα των προβλεπόμενων εργασιών ολοκληρώθηκε στο Α΄στάδιο του έργου.